Được thành lập vào năm 2006 với diện tích khiêm tốn chỉ vào khoảng 300m2. Nhưng sức hút từ bảo tàng đối với khách du lịch trong và ngoài nước chưa bao giờ giảm. Đặc biệt là các nghiên cứu sinh đến Việt Nam vừa mang mục đích du lịch, vừa để nghiên cứu những hiện vật có ở trên Trái Đất hàng tỷ năm về trước.
Hiện nay, bảo tàng đang trưng bày hơn 4 vạn mẫu hiện vật đến từ khắp nơi trên thế giới gồm: các loài có vú, cá, bò sát lưỡng cư, côn trùng, gấu, hổ, các mẫu hóa thạch có niên đại hàng trăm triệu đến hàng tỷ năm, các loài động vật, thực vật tại Việt Nam được các nhà nghiên cứu khoa học hiến tặng,… Thậm chí, những mẫu vật đặc biệt quý hiếm như khủng long cũng được trưng bày. Tất cả làm nên sự đa dạng, phong phú, giúp cho du khách một cái nhìn toàn cảnh về Trái Đất qua 3,6 tỷ năm tồn tại và phát triển.
Bước vào trong không gian của bảo tàng, du khách sẽ cảm giác như được quay trở lại thời tiền sử, khi con người, sự sống còn chưa xuất hiện trên trái đất, rồi đến sự hình thành của các giống loài, quá trình tiến hóa và phát triển của các loài vật đều được thể hiện qua các mẫu vật hóa thạch. Mẫu hiện vật có tuổi đời lâu nhất được ghi nhận tại bảo tàng có niên đại lên tới 2,9 tỷ năm. Bảo tàng còn có mẫu sò khổng lồ (thuộc loại hai mảnh) có trọng lượng gần 100kg. mẫu vật mang hình dạng giống hệt loài giun nhưng được chứng minh là thuộc họ ếch, hay các mẫu vật được mô phỏng quá trình tiến hóa từ thời cổ đại đến tận ngày nay.
Không chỉ có khu trưng bày hiện vật, bảo tàng đã đầu tư thêm phòng chiếu phim (3D) hiện đại với các bộ phim mang nội dung bổ ích về lịch sử tự nhiên, lịch sử hình thành và phát triển của loài người, thế giới động vật, giúp du khách hiểu hơn và có cái nhìn tổng quát về Trái Đất qua từng thời kỳ.
Mỗi ngày, bảo tàng tiếp đón hàng trăm lượt khách tới tham quan. Vào những dịp cao điểm, số lượng đến bảo tàng lên tới hàng ngàn lượt. Bảo tàng cũng là nơi thường xuyên được tổ chức cho các nhà nghiên cứu, các đoàn học sinh đến tham quan, tìm hiểu kết hợp với học tập. Vì vậy rất nhiều ý kiến ủng hộ cho rằng bảo tàng cần được mở rộng để có thể đáp ứng được nhiều hơn nữa cho khách du lịch và cả những người làm công tác nghiên cứu.
Đại diện bảo tàng cũng cho biết, hiện nay rất nhiều trường học thường xuyên tổ chưc các hoạt động ngoại khóa tại bảo tàng để các em học sinh được đến tham quan, học tập. Các công ty lữ hành cũng đưa bảo tàng làm địa điểm cho các tour du lịch nghiên cứu.
Bảo tàng miễn phí mở cửa cho khách du lịch từ thứ 5 đến chủ nhật. Riêng các ngày thứ 3 và thứ 4 dành cho các nhà nghiên cứu. Lịch chiếu phim 3D được chiếu vào lúc 9h và 10h buổi sáng. Buổi chiều vào lúc 14h và 15h.